Midenin endoskopik incelemesi yapıldıktan sonra olağan şekilde bir biyopsi örneği alınır. Biyopsi örneği pilorik antrumdan veya midenin büyük kenarından alınmalıdır. Bazı durumlarda Helicobacter pylori kolonileşmesi dağınık bir yapıda olabilir ve midenin farklı yerlerinde de bulunabilir. Şüpheli durumlarda farklı yerlerden alınmış bir kaç biyopsi örneği kullanılmalıdır.